Zrealizowała kilkadziesiąt przedstawień teatralnych, muzycznych, studenckich, autorskich, operowych, eksperymentalnych, m.in. „Noce Szeherezady" (premiera: październik 2004, Akademia Teatralna w Warszawie), „Lady Day Billie Holiday" Lanie Robertson (premiera: wrzesień 2008, Teatr Rozrywki w Chorzowie),
„Farinella&Chopin" – International Project do muzyki Fryderyka Chopina (premiera: wrzesień 2009, Teatr "Collegium Nobilium" w Warszawie), „Służąca Panią" Giovanniego Battisty Pergolesiego (premiera: styczeń 2010, Teatr Wielki w Poznaniu), „Halka (Wileńska)" Stanisława Moniuszki (premiera: kwiecień 2010, Teatr Wielki - Opera Narodowa w Warszawie), „Demetrio" Johanna Simona Mayra (premiera: marzec 2012, Teatr Wielki w Poznaniu), „Czarodziejski flet" W.A. Mozarta (premiera: kwiecień 2012, Teatr Polski w Poznaniu), „Halka" Stanisława Moniuszki (premiera: kwiecień 2013, Opera Nova w Bydgoszczy), „Balladyna" Fryderyka Babińskiego (premiera: listopad 2013, Teatr Polski w Bielsku-Białej), „Cyrulik sewilski" Gioacchina Rossiniego (premiera: styczeń 2014, Teatr Wielki w Łodzi), „Hrabina Marica" Imre Kálmána (premiera: czerwiec 2014, Opera na Zamku w Szczecinie), RIGOLETTO (premiera: październik 2014, Opera Nova w Bydgoszczy), „Historia najmniej prawdopodobna" Jerzego Kornowicza (premiera: grudzień 2015, Opera na Zamku w Szczecinie), „Dokręcanie śruby" Benjamina Brittena (premiera: maj 2016, Opera na Zamku w Szczecinie), metaopera „Audycja V" Andrzeja Krzanowskiego (premiera NOSPR 2018), „Straszny dwór" Stanisława Moniuszki (premiera: kwiecień 2019, Opera Nova w Bydgoszczy). Jest autorką muzyki do spektakli teatralnych, teatru TV, słuchowisk oraz seriali TV.
Napisała 10 scenariuszy do teatru, teatru dla dzieci i filmu.
Za swoją pracę artystyczną otrzymała szereg nagród, m.in. Złotą Maskę za spektakl „Cyrulik sewilski" (2014) oraz Teatralną Nagrodę Muzyczną im. Jana Kiepury dla najlepszego reżysera za „Dokręcanie śruby" (2017).
Od wielu lat Natalia Babińska zajmuje się także pracą pedagogiczną, współpracując z uczelniami w całej Polsce (m.in. Akademia Muzyczna w Poznaniu, UMFC w Warszawie, Akademia Teatralna w Warszawie, Akademia Muzyczna w Łodzi), a także prowadząc regularne zajęcia w ZPSM nr 1 w Warszawie.